Untuk mendukung proses belajar mengajar yang bermuta dan menghasilkan lulusan yang terampil dan berkualitas, STIKES Borneo Lestari memiliki beberapa laboratorium yang sesuai standar nasional pendidikan perguruan tinggi, yaitu sebagai berikut :
- Laboratorium Teknologi Farmasi
- Laboratorium Teknologi Steril
- Laboratorium Farmakognosi
- Laboratorium Patologi Klinik
- Laboratorium Mikrobiologi
- Laboratorium Ilmu Resep
- Laboratorium Kimia
- Laboratorium Multimedia
